
18 programas são ensinados nesta unidade:
- Administração
- Agronomia
- Arquitetura
- Biologia
- Comunicação social
- Desenho de comunicação gráfica
- Desenho industrial
- Economia
- Enfermagem
- Estomatologia
- Medicina
- Veterinária e Zootecnia
- Nutrição humana
- Ordenamento do território
- Política e gestão Social
- Psicologia
- Química biológica farmacêutica
- Sociologia


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Atividades acadêmicas começaram em novembro de 1974. O modelo educacional da unidade Xochimilco (Sistema Modular) causou uma redefinição social das profissões, bem como uma nova forma de conceber e operar o sistema de ensino-aprendizagem, orientando a ação da Universidade no sentido de mudança social.
Divisões acadêmicas desta unidade são:
- Divisão de ciência e artes para o desenho
- Divisão de Ciências Biológicas e da saúde
- Divisão de ciências sociais e humanas

E também 24 programas de pós-graduação:
Divisão de Ciências e artes Design
- Mestrado em Ciências e artes para a o desenho
- Mestrado em desenho e produção Editorial
- Mestrado em reutilização do património construído
- Doutorado em Ciências e artes para o desenho
Divisão de Ciências Biológicas e da saúde
- Mestrado em Ciências Agrárias
- Doutorado em ciências biológicas e da saúde
- Doutor em Ciências em saúde pública
- Especialização e Mestrado em medicina oral e patologia
- Mestrado em Ciências Farmacêuticas
- Cursos de mestrado e especialização em Medicina Social
- Mestre de reabilitação neurológica (saúde da criança e prevenção de seqüelas durante o desenvolvimento)
- Especialização em população e saúde (área de planejamento familiar)
- Mestrado em população e saúde (área de planejamento familiar)
- Mestrado em saúde
Divisão de ciências sociais e humanas
- • Mestrado em direito econômico
Doutorado, mestrado e especialização em desenvolvimento rural
- Doutorado em ciências sociais
- Mestrado em planejamento de educação e desenvolvimento educacional
- Mestrado em economia e gestão da inovação
- Mestrado em Psicologia Social de grupos e instituições
- Experiência e especialização em estudos de mulheres
- Mestrado em políticas públicas
- Mestrado em comunicação e política
- Cursos de mestrado e doutorado em economia
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